בית הבאר, הבנוי משני חדרים, נמצא, על שפתו הדרומית של דרך ירושלים, כביש הכניסה הראשי, לישוב גן יבנה, כשני ק"מ מכביש החוף (כביש 4). המבנה בנוי על גבעת כורכר, מדרומה ומערבה לה מטעים חדשים. מצפון לאתר עובר קו התפר בין גן יבנה הישנה לשכונת הוילות החדשה.
האתר נמצא מאות מטרים לפני אזור התעשייה של הישוב.
מסביב למבנה הבאר על הגבעה ובסביבותיה, צמחייה טבעית המאפיינת עזובות, כגון עכנאי, שיבולת בר, עץ אשל וכמה ברושים.
באר ברקה נבנתה כנראה בשלושה שלבים:
א. סוף המאה ה-19: הייתה באר אנטיליה עם בריכת אגירה כמקובל. יסודות המבנה כיום הם של שלב זה כנראה.
ב. תקופת המנדט – הסבה למנוע.
ג. תקופת המדינה – הסבה למנוע משוכלל.
ייעוד ושימו שהמבנה היה לטובת השקיית המטעים מאז ומתמיד.
